A vegetação do ecossistema do Pantanal não é uma formação homogênea típica, mas é formada por um mosaico de biomas de cinco das regiões vizinhas ; Floresta Amazônica, Mata Atlântica, Cerrado, Caatinga, e Chaco (paraguaio,argentino e boliviano) e é conhecida como Complexo do Pantanal.

Estudos recentes apontam para a identificação de mais de 1.600 espécies de plantas, sendo algumas endémicas ao Pantanal.

Existem padrões diferentes de flora de acordo com o solo e principalmente com a altitude, fator determinante para o grau e duração de submersão do solo e a sua vegetação durante a inundação periódica.

As terras mais altas não são inundadas e apresentam uma vegetação de cerrado ou de mata.

Nos campos baixos, inundados periodicamente durante a cheia, predominam as gramíneas e arbustos de pequeno porte.
Nas baías, que são lagoas temporárias ou permanentes, encontramos plantas aquáticas submersas ou flutuantes. Essas plantas são de fundamental importância para a sobrevivência da fauna aquática, que por sua vez forma a principal fonte de alimentação de grande parte da fauna terrestre.